Los diversos hábitats y el clima húmedo y templado son factores que favorecen la aparición de numerosos invertebrados. En tiempos sanguijuelas eran tan abundantes que en los arrozales era necesario llevar las piernas bien cubiertas y se exportaban por cientos de miles cada año. Algunas especies han desaparecido como el hemíptero Naucoris maculatus, conocido en el delta como cutimanya d'aigua, y están apareciendo nuevas especies de la mano del hombre como el cangrejo de río americano (Procambarus sp) que poco a poco se está convirtiendo en una plaga. Los mosquitos, los insectos más característicos del delta, han llevado, desde 1917, a emprender una lucha sistemática contra el paludismo, hoy en día casi erradicado, solventado en parte por las continuas fumigaciones de las larvas de dicho insecto.